Научно-исследовательская работа коллектива Костанайского государственного педагогического института была организована на основе ГОСО РК 5.03.011-2006 «Система образования РК. Научно-исследовательская работа в высших учебных заведениях. Основные положения».
Научно-производственная деятельность, осуществляемая профессорско-преподавательским и студенческим коллективом института, была направлена на реализацию годовых и перспективных планов научно-исследовательской работы кафедр и факультетов и была связана с:
- дальнейшим усовершенствованием вузовской науки;
- более полным использованием научного потенциала института;
- укреплением материальной базы НИР;
- подготовкой собственных научных кадров;
- развитием научно-исследовательской работы студентов.

В структуре Костанайского государственного педагогического института 6 факультетов, 22 кафедры (из них 4 - общеинститутские: кафедра педагогики, кафедра иностранных языков, кафедра общественных наук, кафедра практической лингвистики). Численность профессорско-преподавательского коллектива составляет -202 человека. В числе ППС - 6 докторов наук,65 кандидатов наук. Кроме того, в составе института работает 37 совместителей, в числе которых 1 доктор и 7 кандидатов наук. Остепененность ППС составляет - 35,6 %.

Научные подразделения института включают в себя отдел научно-исследовательской работы и магистратуры и Центр региональных исторических исследовани. Кроме того, на базе кафедры биологии и географии работает Научно-исследовательский центр проблем экологии и биоразнообразия. В соответствие со стратегией развития КГПИ на 2010-2012 годы запланировано создание в 2010 году научно-методического Центра разработки проблем малокомплектной школы и редакционно-издательского отдела.